Desde 2013, Villa San Carlos fue animador de torneos y protagonista en distintas luchas de reconocimiento, igualdad y derechos en fútbol argentino.
Cuando Gimnasia dejó la disciplina, y después de cuatro años de soledad para Estudiantes como el único conjunto de La Plata apareció, desde el partido vecino de Berisso, Villa San Carlos. El conjunto celeste comenzó con un proyecto encabezado en sus inicios por Mauro Córdoba, e hizo su estreno en el Torneo Inicial 2013.
El debut de las Villeras se dio con derrota ante Boca Juniors en condición de visitante. En la Fecha 2, las celestes derrotaron a Sociedad Hebraica por 1-0 con gol de María Julia Taranto, siendo ésta su primera victoria en la historia. Taranto también anotó el primer gol en AFA para las Villeras, en la derrota ante Boca en la Fecha 1.
El debut de las Villeras se dio con derrota ante Boca Juniors en condición de visitante. En la Fecha 2, las celestes derrotaron a Sociedad Hebraica por 1-0 con gol de María Julia Taranto, siendo ésta su primera victoria en la historia. Taranto también anotó el primer gol en AFA para las Villeras, en la derrota ante Boca en la Fecha 1.
Su participación durante estos años fue de menor a mayor. Pudo consolidar una estructura con reserva y juveniles, convirtiéndose en un rival de respeto. Entre el 2014 y 2015 se enfrentó a Estudiantes y, debido a la rivalidad que nació entre ambos equipos, sus encuentros se viven como un clásico regional con un historial de 14 enfrentamientos.
En 2015, Juana Bilos se convirtió en la primera jugadora del club en jugar en la Selección Argentina. Daiana Chiclana integró las convocatorias en la Albiceleste y estuvo preseleccionada para la Copa América 2017. En 2019 Bianca Mihdi y Brisa Viscussi participaron en entrenamientos del seleccionado Sub 20.
Luego de lograr el ascenso a Primera División a mediados de 2016, en su siguiente temporada en la máxima categoría del fútbol femenino, Villa San Carlos consiguió finalizar en la quinta ubicación, detrás de equipos con mayor estructura y potencial económico, siendo esta su mejor participación. Logró 34 puntos y ganó 11 partidos.
En 2018, el equipo dirigido técnicamente por Ezequiel Azit, quedó en el octavo puesto y se clasificó a las semifinales de la Copa de Plata. A mediados de 2018 gran parte del equipo de Primera División migró a Gimnasia y Esgrima La Plata y casi todo el equipo de reserva ocupó el lugar en la máxima categoría.
En 2019, Villa San Carlos fue protagonista en los medios de comunicación pero no por una cuestión futbolística: con el anuncio de la semiprofesionalización del fútbol femenino, los dirigentes de esta entidad se mostraron en desacuerdo de mantener al equipo en una liga de este tipo y hasta llegaron a solicitar que la AFA descendiera al equipo para no tener que pagar las comisiones correspondientes a obra social y otros aportes que debía abonar el club.
Con el apoyo de sponsors conseguidos por las mismas jugadoras y cuerpo técnico, gracias a una gran campaña en los medios, las luchadoras de Villa San Carlos volvieron a mantener la categoría y no fueron descendidas como lo había pedido su dirigencia.
Actualmente, Juan Vitale es el director técnico de las Villeras, que lograron permanecer en Primera en la temporada 2019 y pelearán la categoría en 2020. Se espera que este año Mara Gómez y Ludmila Angeli, ambas provenientes de la Liga Amateur Platense se incorporen como refuerzos para luchar por la permanencia y seguir en la categoría para el próximo certamen. La primera de las mencionadas sueña con convertirse en la primera futbolista trans del fútbol argentino y no parece casualidad que lo haga con los colores de una institución que en los últimos años ha luchado mucho.
